כתוב בתורה (ויקרא כא טו): וספרתם לכם ממחרת השבת מיום הביאכם את עומר התנופה שבע שבתות תמימות תהיינה. נקבלו חז"ל (במסכת מנחות דף סה:) שפירוש ממחרת השבת הוא מחרת יום טוב הראשון של פסח שהוא יום שבתון (ואודותיו הכוונה "ממחרת השבת" ממחרת ליום ראשון של פסח שהוא יום שבתון, לכן מיד במוצאי יום טוב ראשון של פסח אחרי תפילת ערבית מתחילים לספור ספירת העומר). ומצות עשה מן התורה לספור ספירת העומר החל מליל ט"ז בניסן עד גמר שבעה שבועות שהם ארבעים ותשעה ימים.
ומכל מקום הואיל ונאמר (דברים טז ט): שבעה שבועות תספר לך "מהחל חרמש בקמה" תחל לספור שבעה שבועות, דהיינו משעת קצירת העומר, ובזמן הזה שבית המקדש חרב אין לנו קצירת העומר ולא קרבן העומר, לכן אין מצות ספירת העומר בזמן הזה אלא מדברי סופרים זכר למקדש. ולכן בנוסח "לשם יחוד" שנוהגים לומר קודם ספירת העומר נכון להשמיט ממנו מה שאומרים "כמו שכתוב בתורה וספרתם לכם וכו'" שהרי מצות ספירת העומר אינה מן התורה. (ואף שבאמת לדעת הרמב"ם והראבי"ה אין שיכות בין מצות ספירת העומר לקצירת העומר, ולדעתם מצות ספירת העומר מן התורה אף בזמן זה, מכל מקום אין אנו פוסקים כדבריהם" אלא כדעת מרן השלחן ערוך שקבלנו הוראותיו, שפסק שספירת העומר מדרבנן, שכן דעת רב האי גאון והתוספות והרא"ש והעיטור והרשב"א והר"ן ועוד.)
זמן ספירת העומר בלילה, ומכל מקום אם שכח לספור בלילה יספור ביום שאחריו בלי ברכה, ואחר כך יוכל להמשיך לספור בכל לילה ולילה בברכה.
נשים הרוצות לספור ספירת העומר בלי ברכה רשאות לעשות כן, וענין זה יתבאר עוד בעז"ה.
