כשקם אדם בבוקר משנתו, יטול ידיו ויברך "ברוך אתה ה' אלהינו מלך העולם אשר קדשנו במצותיו וצונו על נטילת ידים" (ודין זה מבואר בגמרא ברכות ס:). וסדר הנטילה כך הוא, תחילה, יקח הכלי ביד ימינו, וכשהוא מלא מים יעבירנו לשמאלו, וישפוך מים על ידו הימנית. אחר כך יעביר הכלי לידו הימנית, ישפוך מים על ידו השמאלית, וכן יעשה שלש פעמים. ואחר כך מברך על נטילת ידים, וינגב את ידיו.
וכמה טעמים נאמרו בחיוב נטילת ידים שחרית (כלומר בבוקר).
הטעם הראשון, הוא על פי מה שמפורש בגמרא במסכת שבת (קח:), שרוח רעה שורה על ידיו של האדם בלילה, ואינה מסתלקת עד שיטול ידיו כראוי. ואין הדבר תלוי בשינה, אלא בעצם מציאות הלילה.
הטעם השני, מבואר בזוהר הקדוש (פרשת וישב), שבשעה שישן האדם בלילה, מסתלקת ממנו הנשמה הטהורה (מבחינה מסוימת), וטועם טעם המות, ורוח רעה שורה על גופו, וכשחוזרת הנשמה לגוף בקומו משנתו, עדיין שורה הרוח רעה על ידיו, וכדי להעבירה, צריך ליטול ידיו.
הטעם השלישי, מבואר בפסקי הרא"ש (ברכות פ"ט סכ"ג), שידיו של אדם עסקניות הן (כלומר, אינן נחות גם בשנתו), לכן אי אפשר שלא נגע במקומות לא נקיים בשעה שישן, ולכן צריך ליטול ידיו.
הטעם הרביעי, מבואר בתשובת הרשב"א (סי' קצא), שבבוקר נעשה האדם כברייה חדשה, וכמו שנאמר (איכה פ"ג) "חדשים לבקרים רבה אמונתך", ולכן אנו צריכים להודות לה' יתברך על שבראנו לכבודו לשרתו ולברך בשמו.
והטעם החמישי, כתב רבי דוד אבודרהם, שכשם שהכהנים מצווים לרחוץ ידיהם קודם עבודת בית המקדש, כך צריך האדם לקדש ידיו בקומו משנתו קודם שיעבוד את ה' יתברך, כדי שיעבדנו בידים נקיות.
ולהלכה, בודאי שיש חילוקי דינים התלויים בטעמים שהזכרנו, ולדוגמא, אדם שעבר עליו כל הלילה בלא שינה, לפי דברי הגמרא שהזכרנו בטעם הראשון, בודאי שעליו ליטול ידיו, מפני שעברו עליו שעות הלילה. אולם לדברי הזוהר שהזכרנו בטעם השני, וכן לפי טעמו של הרא"ש שהבאנו בטעם השלישי, אדם זה אינו נוטל את ידיו, מפני שחיוב הנטילה תלוי בשינה, והוא לא ישן. וכמו כן יש לדון לענין אדם שישן ביום, שלפי טעמו של הרא"ש שידיו של אדם עסקניות הן, טעם זה שייך בודאי גם בשינה ביום, אולם לפי מה שכתוב בגמרא שהזכרנו, (וכן אפשר לומר גם בשיטת הזוהר הקדוש, עיין בית יוסף (ס"ד) שהסתפק בזה), אין חיוב נטילת ידים שייך ביום, שהרי ביום אין הרוח רעה שורה עליו.
ולמעשה אדם שלא ישן והיה נעור כל הלילה, וכן אדם הישן ביום, נוטל ידיו בבוקר, או בקומו משנתו ביום, מספק, ואינו מברך על נטילה זו, שהרי כלל גדול בידינו "ספק ברכות להקל".