ישנה מחלוקת בין האחרונים, אם מותר לברך ברכת האילנות בשבת, משום שיש שחששו פן ישכח ויתלוש מפרחי האילנות בשבת. אך להלכה יש להקל לברך ברכת האילנות בשבת, אלא שלכתחילה יש לברך ברכת האילנות בימות החול, כשאין חשש שיפסיד את הברכה.
והרה"ג המקובל, רבי יעקב חיים סופר זצ"ל, בספרו כף החיים (סימן רכ"ו אות ד'), כתב שאין לברך בשבת ברכת האילנות מטעם נוסף, והוא, שמכיון שלפי דברי המקובלים על ידי ברכת האילנות, אדם מברר ניצוצות הקדושה מן הצומח, הרי שיש בזה איסור נוסף משום בורר בשבת, ולכן אסור לברך ברכת האילנות בשבת.
ובספרו שו"ת באר מים חיים (בכתב יד) נשאל על זה, שהרי גם בכל הברכות אנו מבררים ניצוצי הקדושה ואם כן יהיה אסור לברך שום ברכה בשבת וזה ודאי אינו, ואם כן למה רק ברכת האילנות כתב שאסור לברך?, והשיב, שזהו לצורך אותה שעה, והלכה בידינו, שבורר אוכל לאלתר (דהיינו על מנת לאוכלו מיד) מותר.
ותמה עליו מרן הרב עובדיה יוסף שליט"א, שמניין לו שבענין רוחני כזה שייך דין בורר, וכל המלאכות האסורות בשבת, למדנו ממלאכת המשכן, ובמלאכת המשכן לא מצינו בורר בצורה כזו שיקרא מלאכה.
ולכן העיקר לדינא, שלא שייך כלל איסור בורר בשבת בדברים רוחניים, ומותר לברך ברכת האילנות בשבת.
