שנינו במסכת אבות (פרק ה משנה יז), כל מחלוקת שהיא לשם שמים, סופה להתקיים, איזו היא מחלוקת שהיא לשם שמים, זו מחלוקת הלל ושמאי, ואיזו היא מחלוקת שאינה לשם שמים, זו מחלוקת קורח ועדתו.
ועלינו להבין, מה משמעות הדוגמא שהביא התנא, איזו היא מחלוקת שהיא לשם שמים, זו מחלוקת הלל ושמאי, ואיזו היא מחלוקת שאינה לשם שמים, זו מחלוקת קורח ועדתו, הלא היו עוד מחלוקת רבות לשם שמים ושאינם לשם שמים, ומה משמעותן של אותן מחלוקות דוקא?
והסביר זאת הגאון רבינו יהונתן אייבשיץ בספר יערות דבש (חלק ב), שאמנם, היצר הרע מסית בכל מחלוקת, ומכניס בלב האנשים, שאותה המחלוקת היא מחלוקת לשם שמים, וכפי שאמנם היה בדורו של הגאון רבי יהונתן אייבשיץ, אבל רבותינו נתנו סימן אמיתי לדבר, איזו היא מחלוקת שהיא לשם שמים, זו מחלוקת בית שמאי ובית הלל, שאף על פי שהיו במחלוקת, ותמיד חלקו זה על זה בעניני הלכה, בכל זאת נשארו ידידים ואהובים זה לזה, וכדברי רבותינו במסכת קדושין (דף ל:) אפילו אב ובנו ותלמידו שהיו עוסקים בתורה וחולקים זה על זה, נעשים כאויבים זה לזה, שנאמר, "עַל כֵּן יֵאָמַר בְּסֵפֶר מִלְחֲמֹת ה'", ואף על פי כן אינם זזים משם עד שנעשים אוהבים זה לזה, שנאמר "אֶת וָהֵב בְּסוּפָה", שבסופו של דבר נעשים ידידים ורעים זה לזה.
וכן אמרו רבותינו במסכת יבמות (יד:), אף על פי שנחלקו בית שמאי ובית הלל בדין מסויים בעניני יבמות, מכל מקום לא נמנעו בית הלל מלישא נשים מבית שמאי, ללמדך שחיבה ורעות היו נוהגים זה בזה, לקיים מה שנאמר "וְהָאֱמֶת וְהַשָּׁלוֹם אֱהָבוּ", כי בית שמאי היו מודיעים לבית הלל, אם אותה המשפחה שהם רוצים לקחת ממנה אשה, היא משפחה כשרה גם לפי דעת בית הלל או לא.
מה שאין כן במחלוקת קורח ועדתו, שהיו מלאים איבה ושנאה, זוהי מחלוקת שלא לשם שמים. וכתב מרן רבינו עובדיה יוסף זצ"ל בזו הלשון: "וזה אות נאמן בכל מחלוקת להבין אם היא לשם שמים או שאינה לשם שמים".
וזהו במחלוקת בין גדולי ישראל תלמידי החכמים, אבל אם יש מחלוקת בין התלמידי חכמים לבין אותם המהרסים ומחריבי הדת המחרחרים ריב להטעות את ישראל וכיוצא בזה, ודאי אין זה בכלל המחלוקות הללו, אלא בכלל תיקון הדת, שיש להודיע לכל ישראל לפעמים ממי עליהם להשמר, מי הוא הצדיק ומי המצטדק.
