תשובה: הנה בשאלה זו כבר דן המהרש"ל (רבי שלמה לוריא, מגדולי האחרונים בלובלין שבמזרח פולין, לפני קרוב לחמש מאות שנה, וחיבר ספר ים של שלמה על סדר הש"ס) בתשובתו (סימן צז), וכתב, שמי שנתחייב בברכה אחרונה על מה שאכל, ואחר כך התחייב בברכת אשר יצר, עליו לברך קודם כל אשר יצר, ורק אחר כך יברך ברכה אחרונה, לפי הכלל (בברכות נא:) שתדיר ושאינו תדיר תדיר קודם, כלומר, מצוה שהיא תדירה (תמידית) יותר, קודמת למצוה שאינה תדירה כמוה, וברכת אשר יצר היא קבועה בכל יום כמה פעמים, ואילו ברכה אחרונה, אפשר שלא יתחייב בה אדם אפילו ימים רבים.
והגאון יעב"ץ (רבי יעקב עמדין בן צבי, בנו של ה"חכם צבי", מגדולי האחרונים בגרמניה לפני כשלש מאות שנה) כתב על זה: ולפי עניות דעתי, מי אומר שאין זו (ברכה אחרונה) תדירה כמו זו? ואדרבא אצל רוב בני אדם אכילה ושתיה תדירים יותר מברכת אשר יצר. ולכן אם אנו דנים לפי הטעם שתדיר קודם, יש לומר שעלינו להקדים דוקא את הברכה האחרונה לברכת אשר יצר. ומכל מקום כתב, שהוא מסכים לפסק מהרש"ל, אבל לא מהטעם שכתב שברכת אשר יצר היא תדירה יותר, אלא מטעם אחר, והוא, שמכיון שכעת נתחייב אדם זה להודות לה' יתברך על תיקון גופו בברכת אשר יצר, לכן בודאי שמוטל עליו לברך קודם כל על הברכה שנתחייב בה כעת, שכן ברכה אחרונה בלאו הכי כבר לא יוכל לברך סמוך לאכילה שכן כבר עבר זמנה. לכן יברך אשר יצר, ואחר כך יברך ברכה אחרונה. ודנו בזה עוד מגדולי הפוסקים, והביאו ראיות לכאן ולכאן.
ולהלכה, כתב מרן הרב עובדיה יוסף זצ"ל (יבי"א ח"ט דף קעג ע"ב), שיברך קודם ברכת אשר יצר, ואחר כך יברך ברכה אחרונה, בין מהטעם שכתב המהרש"ל ובין מטעמו של הגאון יעב"ץ.